2000 год, октябрь.
На мир, как на человеческий, так и на мир мутантов надвигается страшная война, которая понесет за собой страшные потери. Пропадают люди, в основном депутаты и политики, которые выступают за принятие закона о "переписи мутантов". Магнето провоцирует правительство.

2003 год, апрель.
Страйкер начинает сплошную, страшную и беспощадную ловлю мутантов, чтобы собрать свою армию, запрограммировать их. Команда-х попадает на заброшенную станцию, на которой раньше создавали х-армию, причем именно Страйкер. Росомаха узнает тайну о своем прошлом, ради общего блага Магнето и Ксавьер объединяются. Из-за обвала дамбы людям-х приходится в экстренном порядке покинуть базу, оставив по собственносму желанию Джину, которая погибла.

2006 год, август.
Скотт Саммерс по прежнему разыскивает Джин Грей, которая бесследно богибла. Однажды. отправившись на ее поиски, под натиском и мучениями ее голоса в разуме, он находит ее. Она перешла на омега-уровень, уничтожает Циклопа. Ее находят Шторм и Росомаха. В Джин Грей проснулся Феникс, нечто из космоса. Его от ее разума долгое время пытался отогнать, даже уничтожить Ксавьер. Оставив ее однажды под присмотром Логана, она очнулась. В ней проснулся Феникс и она покинула институт Ксавьера. Магнето сбежал из палстиковой тюрьмы, организвал армию, которую называют и ныне братством матунтов. Правительство нашло мутанта, чья кровь может блокировать ген-х. Многие мутанты отважились на такой шаг. Но правительство использовало это еще и как оружие, что вызвало войну. В битве Магнето лишился своих сил, Джин Грей была убита Ромомахой.